河長制的首要任務是——河長考核斷面的水質達標。

　　從流域的尺度來說，截污管網的服務范圍只占流域范圍的一小部分。加上截污管網服務范圍內所產生的污水也不能全部納管，雨污合流制的污水管網系統在下雨時段有污水外溢入河也是常事。在可見的將來，截污管網的效能也不會有重大突破。那么，有污水流入河道是今后長期存在的客觀事實。所以，在水質不達標的河長考核斷面治理方案中，強調以新建截污管網為主要治污措施的治理方案都不會成功。

　　在不達標的河長考核斷面治理中，精準去除各種超標污染物才是根本。既然有污水流入河道是長期存在的客觀事實。那么如何處理入河污水就是首要問題了。從水污染的現狀來分析，污水是從陸上產生，就近流入小水溝，再流向支涌，干流等有規律傳輸。從廣東省很多河長考核斷面水質不達標的情況來分析，主要存在問題是流域主要支涌“一河一策”整治工作沒有實質性進展。這就引伸出一個結論，去除流域主要污染支涌的水污染物，是不達標河長考核斷面的主攻方向。人們可以在支涌下游的某處興建水質凈化設施（就是以小流域為治污控制單元），按干流河長考核斷面的水質達標要求來處理支流的污染水體。這樣就可以精準去除各個不達標河長考核斷面所有超標污染物。從而完成河長考核斷面水質達標的任務。

　　在完成河長考核斷面水質達標這個任務后。若流域內還有些支涌存在黑臭水體，就要從該支涌下游興建的水質凈化設施出水中，反向引水到該支涌的上游，對該支涌進行生態補水，必要時沿河涌進行局部截污，減少河涌中的污水量，相應減少補水規模。補水的水質最好是低氨氮，高溶解氧。這樣有利于河涌消除黑臭和有魚類在河涌中生活。